巴斯德最新研究:法國疫情非中國輸入引發

發布時間:2020-04-30 23:56   來源:科技日報  

  4月28日,巴斯德研究所發布新聞公告,該所已完成“法國輸入性與早期傳播病毒的朔源分析”相關研究,研究結果于近日以預發表發布在bioRxiv.org網站。

  根據該研究,法國暴發的新冠肺炎疫情并不是由1月份來自中國的輸入病例引起的,也并非來自意大利,而是來自一種在當地傳播的來源不明毒株。該研究由法國國家呼吸道感染病毒參考中心主任西爾維·范·德維爾和巴斯德研究所RNA病毒進化基因組學負責人埃蒂安·西蒙·洛里埃共同牽頭。

  根據巴斯德研究所提供的新聞稿,繼去年12月武漢市出現新冠肺炎疾病后,法國于1月10日開始病毒監測,由巴斯德研究所和法國呼吸病毒研究所(NRC)負責啟動密切關注流程。

  法國于1月24日發現首例新冠病毒感染者,這也是歐洲首例新冠肺炎患者,另有其他兩例中國輸入性病人也很快被檢測和收治。法國政府迅速采取措施,追蹤了這些患者的密切接觸者,阻止了病毒的進一步傳播。1月份的中國輸入病例沒有在法國引發局部傳播,顯示出法國采取預防病毒擴散系列措施的有效性。

  法國采集的新冠病毒樣本均儲存在國家呼吸病毒研究所,巴斯德研究所RNA病毒進化基因研究組對97份法國病毒樣本進行了基因測序與比對。

  樣本主要為鼻咽拭子和痰液,采樣時間為1月24日至3月24日。法國該階段確診病例22302人,死亡1100人,疫情主要流行于法國北部。

  全部樣本均采自于有臨床癥狀的確診患者,同時將籍貫、旅行史、發病時間、病毒載量和采樣部位納入基因比對內容。另有3份來自阿爾及利亞病毒樣本。

  法國3月疫情主要地區分布圖

  法國新冠肺炎樣本單核酸多態性發生部位比較圖

  根據歐洲精準醫療平臺首席科學家鞠麗雅對該溯源研究的解讀,圖中顯示:

  1、取自法國東南部并有意大利旅行史的病毒株(GE1583,B2340)與法國北部的不同,但和意大利北部流行株類似,而且沒有在法國流行;

  2、法國首例武漢患者(IDF0372),其單核酸多態性 G22661T是獨有的,與法國的所有病毒基因不同;

  3、法國北部地區的代表性病毒基因為 GE1973 (東大地區), IDF2849(大巴黎地區) 和 N2223 (諾曼底地區);

  4、有歐洲旅行史的代表基因為 IDF2792;

  5、3份取自阿爾及利亞的病毒株與法國北部流行株同源。

  巴斯德研究所將法國檢測的樣本序列與全球共享流感數據倡議組織(GISAID)發布的338份新冠肺炎病毒序列進行比對和溯源分析,并建立病毒進化樹圖譜。

  對比研究表明,法國流行的新冠病毒和1月發現的中國輸入感染病毒并非來自同一毒株,兩種病毒來自同一個“祖先”,但屬于不同的分支。導致法國本地疫情的主流分支,和來自中國和意大利的輸入病例都不相同。

  法國現今流行的病毒樣本中,最早一個樣本是2月19日從一名患者身上采集的,該患者沒有國內外旅行史,也沒有和海外歸國的旅行者接觸過。該患者于2月25日去世,隨后法國出現大規模疫情潮。

  來自不同地區病毒進化樹

  鞠麗雅對科技日報記者表示,從圖中可以看到:

  •   來自亞太地區(包括湖北武漢)的病毒株與法國病毒株沒有關聯;

  •   來自美國病毒株與法國的關聯不大;

  •   法國北部流行病毒株(不同地區有不同彩色)均出自于同一原始株。

  用通俗的話來解釋,法國新冠病毒是一個歷史久遠的大家族,和中國武漢的病例相隔甚遠。

  綜合上述結果,巴斯德研究團隊提出,由于最有代表性的基因型的最早病例并沒有旅行史,意味著早在2月份歐洲疫情爆發之前,已經有病毒在法國和歐洲其他國家“悄然”流行,且大部分是輕癥或無癥狀,因而長時間未被發現。這項工作為法國病毒溯源提供了線索,并強調在無癥狀病例大量存在的情況下,遏制病毒傳播面臨挑戰。

  巴斯德研究所指出,許多國家的病毒取樣工作仍然不完全,因此無法精確估算出法國新冠病毒的來源或輸入時間。

  蒂安·西蒙·洛里埃指出,“根據我們的首次觀察,法國流行的新冠病毒感染與無癥狀病例有關。對不同地區的新冠病毒進行測序很重要,以便能更好地了解法國新冠病毒的流行軌跡。”

  編輯:高春春

  統籌:徐倩

  編審:干江沄

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